Senat adalah organ yang menetapkan kebijakan akademik dan mempertimbangkan pelaksanaannya. Dipimpin oleh seorang ketua dengan bantuan seorang sekretaris, Senat terdiri dari anggota seperti 3 wakil dosen dari setiap jurusan, direktur, 3 pembantu direktur, serta kepala pusat penelitian dan pengabdian kepada masyarakat. Anggota senat dari wakil dosen dipilih oleh rekan-rekan mereka dalam jurusan masing-masing. Senat memiliki wewenang membentuk komisi, badan pekerja, atau panitia kerja untuk melaksanakan tugasnya. Di Politeknik Negeri Batam, Senat terdiri dari 3 komisi, yaitu Komisi I, Komisi II, dan Komisi III.